Свети Игнаций от Лойола, детайл от мозайката на отец Марко Рупник в дома на отците йезуити в Рим
На 15 август 1534 г. баският благородник Игнаций Лойола основава Ордена на йезуитите, утвърден на 27 септември 1540 г. с була на папа Павел III.
На следващата година Лойола бил избран за първия генерал на Обществото на Исус, при това с неограничен мандат. В следващите десетилетия йезуитите си осигурили от Апостолическия престол голям брой привилегии, сред които правото да дават дипломи от своите университети – като по този начин подронват останалите вековни и наложили се висши учебни заведения в Европа; никоя местна власт, светска или духовна, нямала юрисдикция над тях – те можели освен това да навлизат необезпокоявано в територията на който и да е съществуващ манастир.
Когато към това се добави тяхната вярност към папата и неимоверното им богатство, може да се видят причините за съществуващата срещу йезуитите определена ненавист в някои кръгове в Европа от това време.
Орденът създава толкова работещо и гъвкаво за времето си общество, че успява да излезе извън първоначалните си намерения за борба с Реформацията и протестантството.
Йезуитите успяват да вложат голяма част от силите си в мисионерство и завземане на позиции в мюсюлманския свят и Новия свят.
Орденът е забранен от папа Климент XIV на 21 юли 1773 г., но йезуитите продължават въпреки това да действат на територията на Прусия и Русия. Орденът възстановява дейността си официално през 1814 г.